Les premiers coups de la révolution ont été frappés en novembre 1959 aux environs de Kabgayi, Mission (chefferies de Marangara et Ndiza). L’étincelle est apparue le dimanche 1 er novembre, quand un groupe de jeunes Tuutsis a attaqué le sous-chef hutu Dominique Mbonyumutwa. Bien qu’il se soit évadé de sa vie, des rumeurs se répandaient qu’il aurait été tué. Les Hutu locaux ont agi rapidement pour se venger. Le lundi 2 novembre, les Hutu se sont rassemblés pour une manifestation devant la maison du chef Ndiza, Gashagaza; ils ont attaqué quatre notables tuutsis qui s’étaient réfugiés dans la maison du chef, mais ont épargné Gashagaza. Parmi les victimes, figurait le sous-chef Nkusi, qui avait déjà menacé publiquement à deux reprises de représailles contre les partisans des partis hutu. Les Hutu de Marangara et de la chefferie voisine de Ndiza ont ainsi été le fer de lance des manifestations violentes qui ont mis le Rwanda sur la voie de la révolution. Des incidents violents se sont propagés de Ndiza et de Marangara à d’autres régions du territoire de Gitarama, puis le 6 novembre aux territoires de Ruhengeri et de Gisenyi, dans le nord-ouest. Le 7 novembre, les violences rurales avaient atteint Byumba (nord-est du Rwanda) et Kibuye (centre-ouest du Rwanda). Les dimanche 8 et lundi 9 novembre, les raids se sont étendus aux territoires de Nyanza et de Kigali (où l’influence des Tuutsis était prédominante). Seuls trois districts n’ont pas connu d’attaques généralisées contre les tuutsis hutu lors du soulèvement de novembre. Astrida (siège d’APROSOMA), Cyangugu et Kibungo.

La violence s’est d’abord répandue dans les zones de forte influence PARMEHUTU (Gitarama, Ruhengeri, Gisenyi, Territoires de Byumba). Des tactiques similaires ont été utilisées par les Hutu dans ces différents domaines, mais la plupart des analystes de ces événements estiment néanmoins que la violence était spontanée. La rapidité avec laquelle cette manifestation s’est répandue a mis en évidence des ressentiments intenses contre le pouvoir tuutsi et un désir de changement chez de nombreux ruraux. Elle visait principalement les chefs tuutsis et non (du moins à ce stade) contre le Mwami. Beaucoup de ceux qui ont participé aux raids ont affirmé croire que les autorités européennes et umwarni avaient ordonné la destruction de maisons tuutsies. Les violences se sont principalement limitées à l’incendie et au pillage d’habitations tuutsies alors que, dans l’ensemble, les vies des tuutsis ont été épargnées: Les incendiaires partiraient par bandes d’une dizaine de personnes. Armés d’allumettes et de paraffine, que les habitants indigènes utilisaient en grande quantité pour leurs lampes, ils ont pillé les maisons tuutsies qu’ils avaient empruntées et les ont incendiées. En chemin, ils engageraient d’autres incendiaires à suivre le cortège tandis que les premières recrues, trop épuisées pour continuer, abandonneraient et rentreraient chez elles. Ainsi, jour après jour, les incendies se propageaient de colline en colline. D’une manière générale, les incendiaires, souvent sans armes, n’attaquaient pas les habitants des huttes et se contentaient de les piller et de les incendier. Les incidents les plus graves impliquant des blessures tragiques et la mort sont survenus lorsque les Tuutsi étaient déterminés à riposter ou lorsqu’il y avait des affrontements avec les forces de l’ordre.

Le soulèvement hutu de novembre 1959 était important, car il montrait la profondeur du mécontentement rural face à la domination tuutsi et la capacité des Hutu à déstabiliser l’État. Les manifestations des Hutu ont également provoqué une contre-attaque des Tuutsis, mieux organisée et plus brutale que les initiatives des Hutu, qui ont contraint l’administration belge à agir. Comme l’a souligné Reyntjens, la révolution hutu n’était pas dirigée contre l’administration belge, qui revendiquait le monopole de la force coercitive, mais contre les Tuutsi, qui ne contrôlaient pas les principaux instruments de contrainte dont disposait l’État. Dans ses appels à la campagne, le parti UNAR a toujours appelé à des mouvements rapides vers l’indépendance. La position de l’UNAR était basée sur la prise de conscience que les Hutu avaient besoin de temps pour organiser et mobiliser leurs ressources politiques, mais qu’une fois cette mobilisation réalisée, le courant politique s’opposerait fortement aux détenteurs du pouvoir tuutsi. Plus les Belges sont restés longtemps dans le pays, plus grande chance que le mouvement de protestation hutu réussisse à déloger les Tuutsis du pouvoir. Ainsi, dans la mesure où l’administration européenne n’était pas totalement neutre (et décidément pas à partir de novembre 1959), la présence continue de la domination belge au Rwanda avait tendance à aider les Hutu. Dans ce contexte, l’intensité des efforts déployés par les Tuutsis pour prendre sans délai le contrôle indépendant de l’appareil d’État est compréhensible. Ce sont pourtant ces efforts qui, à leur tour, ont suscité de fortes oppositions de la part des dirigeants hutu et de l’administration belge.

Le vendredi 6 novembre, l’umwami a demandé la permission de rétablir l’ordre avec sa propre armée. L’administration belge a rejeté sa demande, mais il a ignoré l’ordre. La réaction tuutsi a commencé, avec l’ordre de la cour d’arrêter certains dirigeants hutu et de les amener devant le roi. À compter du samedi 7 novembre, des unités de l’ancienne organisation de l’armée tuutsie ont été envoyées et plusieurs dirigeants hutus ont été tués. Gitera, cible privilégiée, était protégée par les forces sous commandement belge. Kayibanda s’est caché. Les Hutu capturés ont été emmenés à Ibwami à Nyanza, où beaucoup ont ensuite été torturés par les dirigeants de l’UNAR. Le régime tuutsi avait l’intention d’éliminer les dirigeants hutus dans l’espoir que cela éliminerait le mouvement de radicalisme rural et d’agitation dans les campagnes. L’administration belge n’a pas été prise au dépourvu. Plusieurs semaines avant les violences, le gouverneur Harroy avait contacté un de ses amis, le colonel B. E. M. Guy Logiest, alors officier de la Force publique au Congo. Harroy a demandé à Logiest d’évaluer les forces militaires disponibles pour le gouvernement au Rwanda et de faire des recommandations pour l’envoi de renforts si nécessaire. Un premier détachement a été envoyé au Rwanda depuis Bujumbura le 24 octobre. Des soldats supplémentaires de la Force publique et des parachutistes belges, ainsi que Logiest lui-même, sont venus au Rwanda le 4 novembre, après le début des violences.

Les troupes de Logiest ont essayé d’empêcher la violence et de rétablir l’ordre. Mais une fois que la contre-attaque tuutsie a commencé, l’une des principales préoccupations des opérations militaires belges au Rwanda était de protéger les dirigeants hutu. Le gouverneur Harroy et l’umwami ont publié une proclamation conjointe appelant la population à contribuer au maintien du calme dans le pays. L’état d’urgence a été déclaré (le 11 novembre), un régime militaire a été imposé dans tout le Rwanda (le 12 novembre) et le colonel Logiest a été nommé résident militaire spécial. Le 14 novembre, le calme relatif avait été rétabli; cela s’est toutefois avéré être une accalmie temporaire. La résistance progressivement passive ainsi que l’opposition manifeste aux chefs tuutsis se sont propagées du centre et du nord du Rwanda vers d’autres régions.

Harroy affirme avoir encouragé le colonel Logiest à mettre en place des structures administratives dotées de personnel hutu à la suite du soulèvement de novembre; Logiest et lui estimaient que de telles mesures étaient nécessaires pour que les partisans tuutsis de l’UNAR ne reprennent pas le contrôle de l’État. Quel que soit le rôle de Harroy, Logiest devint clairement un partisan actif aidant les Hutu. Comme il l’expliqua plus tard, à l’époque, il pensait devoir choisir entre deux actions possibles: Soit il pouvait soutenir les structures tuutsi (cela signifierait une progression rapide vers l’indépendance du Rwanda et, de ce point de vue, serait préjudiciable au peuple populaire. masses du pays) ou il pourrait opter pour la démocratisation. Logiest a consciemment choisi cette dernière option, sachant pertinemment que cela « nécessiterait … la mise en place d’une république et l’abolition de l’hégémonie tutsie.

Après les conflits de novembre, l’opposition aux Tuutsi dans de nombreuses régions était si grande que la population a refusé d’obéir aux autorités tuutsies. Logiest a demandé aux administrateurs belges locaux de destituer autant de chefs que possible. D’autres chefs et sous-chefs tuutsis ont fui leur poste, cherchant souvent refuge dans des zones voisines situées à l’extérieur du Rwanda. Logiest et ses délégués ont ensuite nommé de nouveaux chefs par intérim, partisans des partis hutu (PARMEHUTU et APROSOMA) ou, dans certains cas, du parti progressiste tuutsi, RADER. Les résultats de cette politique ont été dramatiques: au début du mois de mars 1960, les autorités par intérim des Hutus dirigeaient déjà 22 des 45 chefferies du Rwanda et 297 des 531 sous-chefferies du Rwanda. La politique de Logiest visait à empêcher le retour au pouvoir des Tuutsis. Il donna aux dirigeants hutu accès à de précieuses ressources politiques et les plaça dans une position favorable pour faire campagne pour les importantes élections communales prévues pour juin-juillet 1960.

La révolution rwandaise a donc été lancée en novembre 1959, avec le soulèvement des Hutu et la contre-attaque des Tuutsis. La Révolution a pris fin 22 mois plus tard, avec des élections législatives et un référendum sur la monarchie en septembre 1961. Des épisodes de violence sporadiques ont ponctué cette période de transition, devenant particulièrement sévère dans les semaines qui ont précédé les élections communales de 196o et les élections législatives de 1961. Aux élections législatives de 1961, supervisées par les Nations Unies, les partis hutu obtinrent une majorité écrasante des voix. Un référendum organisé à la même époque aboutit à un rejet décisif de la monarchie. Neuf mois plus tard, le Rwanda a recouvré son indépendance formelle par rapport à la domination européenne le 1er juillet 1962.