Vers la fin de 1931, l’administration belge envisagea de remplacer Umwami Musinga. Les Européens avaient constaté que leurs efforts pour « moderniser » la politique rwandaise étaient entravés par la loyauté sans faille de Musinga aux obligations et pratiques rituelles. Le roi ne voulait pas adopter la religion chrétienne, il manquait d’éducation formelle et il se méfiait de l’autorité belge.  Les Missionnaires européens, en particulier Mgr. Léon Classe souhaitait installer un homme plus jeune, plus enclin au catholicisme; Classe a fait pression sur les administrateurs belges, dont certains étaient réceptifs à l’idée qu’un roi plus jeune sympathiques aux croyances occidentales coopérerait plus activement dans l’entreprise coloniale. C’est ainsi que le 12 novembre 1931, le gouverneur du Ruanda-Urundi décréta que le règne de Musinga était terminé. Deux jours plus tard, Musinga et une grande caravane partirent de Nyanza en direction de Kamembe, dans le Kinyaga, où le roi déchu devait vivre son exil. Le 16 novembre, Rudahigwa, le fils de Musinga, a été intronisé sous le nom d’Umwami Mutara Rudahigwa. Lors des cérémonies à Nyanza, l’un des chefs ayant joué un rôle majeur était Rwagataraka, qui a donné une traduction en Kinyarwanda du discours du gouverneur.

Le choix de Kinyaga pour la résidence en exil était significatif. Musinga a été informé que s’il posait problème, il serait envoyé à l’ouest du lac Kivu, entièrement à l’extérieur du Rwanda. De plus, on pensait que Rwagataraka, un rival connu du roi déchu, surveillerait son ennemi. La carrière de Rwagataraka avait atteint son apogée. Il était si influent que les Kinyagans pensaient qu’il souhaitait  être roi et certains pensaient même qu’il serait le successeur de Musinga.

Mais pendant les dix années suivantes, Rwagataraka assista à un déclLin progressif de son pouvoir. Après un conflit avec l’A.T. à Cyangugu en 1934, Rwagataraka fut « puni » par la réduction de son domaine. La région située au nord de la rivière Mwaga a été retirée de Impara pour devenir la chefferie de Cyesha et Munyakayanza (lignée des Abagereka, clan des Abeega) est devenue son chef, responsable devant le royaume. et correspondait aux différences culturelles entre les deux zones. La partition du domaine de Rwagataraka était également une extension logique du programme belge visant à normaliser les unités administratives.

Quelle que soit la logique de la politique, cela n’a rien fait pour atténuer l’impact de Rwagataraka. Outre la perte de territoire et de revenus, Rwagataraka perdit le contrôle des nominations de sous-chefs à Cyesha – une forme importante de favoritisme. Cette mesure l’oblige à quitter sa résidence principale de la péninsule d’Ishara et à se déplacer vers le sud, à Shangi, le nouveau centre de la chefferie d’Impara. Pourtant, la création de Cyesha était plus une action symbolique qu’une réorganisation systématique des relations de pouvoir. Même sans la zone située au nord du Mwaga, Rwagataraka contrôlait toujours plus de terres et de population que tous les autres chefs du Kinyaga. Le nombre de sous-chefs qu’il dirigeait en 1938 était plus du double du nombre total de sous-chefs dans les chefferies de Cyesha et de Matira, et le nombre de contribuables était au moins égal à la moitié de celui des contribuables ailleurs dans la région. Le pouvoir de Rwagataraka était diminué, mais il n’était en aucun cas détruit.

Malgré l’érosion de son influence, l’empire local construit par Rwagataraka ne fut démantelé qu’après sa mort (1941), lorsque  le Mwami Rudahigwa installa ses propres hommes à Kinyaga. En 1942,  le domaine d’Impara fut à nouveau subdivisé avec la création de la chefferie Bukunzi-Busoozo-Bugarama, dirigée par Etiènne Gitefano, un Ndugan de la lignée Abaya (clan Abanyiginya). Joseph Bideri – un membre de la lignée Abahindiro (clan Abanyiginya) et l’un des favoris de Rudahigwa – s’est chargé de la partie restante de la chefferie d’Impara. À peine un an plus tard, le fils de Rwagataraka, qui avait brièvement commandé à Cyesha, fut déposé en faveur d’un Kinyagan, Ambroise Gakooko, de la lignée Abanama (clan Abanyiginya). Ainsi, à la fin de 1943, trois des quatre chefs principaux de Kinyaga étaient dirigés par des hommes du clan Abanyiginya, appartenant tous à des lignées se réclamant d’un ancien roi. Le seul chef qui ne fût pas d’un roi était Biniga, le chef d’Abiiru, qui avait été nommé à l’époque de Rwagataraka; il appartenait à la lignée des Abahanya (clan Abeega).

Cette imposition de chefs ndugans faisait partie d’un programme général poursuivi par Rudahigwa pour ramener au pouvoir des membres du clan Abanyiginya. C’était, pour ainsi dire, sa « vengeance » contre les Abeega pour le meurtre de Rutarindwa et le traitement réservé à son père, Musinga. L’unification du Kinyaga réalisée précédemment sous Rwagataraka a facilité les efforts de Rudahigwa. Rwagaaraka avait utilisé des techniques centrales rwandaises pour imposer et consolider son contrôle; Une fois que les structures administratives du commandement hiérarchique et de la hiérarchie des pouvoirs avaient été établies, il était plus facile pour d’autres chefs centraux de prendre en charge leurs opérations.

Les chefs nommés par Rudahigwa, perpétuant les modèles de gouvernement forgés par leurs prédécesseurs, ont éliminé les hauts fonctionnaires en place pour faire de la place à leurs partisans personnels. Un résultat important au niveau local, en particulier dans les deux chefs principaux du Kinyaga commandés par les Ndugans (Impara et Bukunzi-Busoozo-Bugarama.), A été un pourcentage accru de sous-chefs étrangers (non-Kinyagans). Même lorsque les Kinyagans étaient nommés sous-chefs, ils étaient rarement affectés à leurs collines natales. La tendance a été renforcée par le programme belge (qui a débuté à la fin des années 1920) consistant à remplacer les sous-chefs sans éducation par des abakaraani alphabètes. Dans les années 1930, après la fermeture de l’Ecole des Batutsi à Cyangugu, peu de Kinyagans obtinrent l’accès à une formation en administration (et ne purent donc pas se qualifier pour un poste de chef); tandis que les proportions relatives de Ndugans qui ont étudié ont augmenté.

L’imposition d’un plus grand nombre de chefs et de sous-chefs ndugans sous le règne de Rudahigwa a souvent provoqué de graves conflits, contribuant au mécontentement rural. Les Ndugans ont tenté d’imposer la clientèle et les coutumes du centre; la population locale, peu habituée à de telles pratiques, était opposée à ces efforts. Ces changements ont provoqué des réactions particulièrement fortes dans les anciens royaumes de Bukunzi et de Busoozo, où les peuples avaient conservé leur autonomie pendant la période coloniale.

La non-coopération de la population n’était pas simplement une manifestation de valeurs culturelles constituant un obstacle à la modernisation, comme le suggèrent certaines des théories politiques de la modernisation des années 60. L’édification de l’État colonial au Rwanda a renforcé et consolidé un processus de paysanisation qui, dans de nombreuses régions du pays, n’avait commencé que depuis le règne de Rwabugiri à la fin du XIXe siècle ou, plus tard pour des régions comme Bukunzi et Busoozo. Du point de vue des habitants des zones rurales, la pénétration accrue du gouvernement sous le régime colonial impliquait un réaménagement en profondeur des opportunités de mobilité politique et sociale et une modification de la sécurité d’accès aux biens économiques de base tels que la terre. Naturellement, les groupes non-dirigeants au Rwanda ont évalué (et ont réagi) la double impolitesse coloniale quant à la manière dont ces changements ont affecté leur vie.